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Was passiert denn dann mit den Einträgen in der Karteikarte, wenn Sie ihr "Reinigungsscript" laufen lassen ?

Da ich derartige Einträge nicht habe, kann ich das nicht beantworten. Schlimmstenfalls laufen die ins leere. Vermutlich meinen Sie die dunkel hinterlegten Karteilen ?
Die eigentlichen PDF Dokumente müssten auf dem Server unter ...\TurboMed\Dokumente\Sonstiges\ im entsprechenden Monatsordner liegen und werden durch die Reinigungsbatch natürlch nicht gelöscht.
Probelauf auf Testsystem ?